O processo de povoamento do território de Jundiá está diretamente vinculado ao Riacho Jundiá e ao Rio Araraí, com suas águas transformam a área em terras boas para o cultivo de lavouras. A possibilidade de desenvolvimento e de progresso a partir da atividade agrícola. Desde cedo atraiu trabalhadores de outras partes da região, que fixaram moradia na localidade, dando início ao povoamento vinculado ao município de Várzea.
A povoação de Jundiá de Cima em 4 de abril de 1963 conquistou à categoria de distrito Administrativo, através da Lei nº 2.874, sancionada pelo então Governador, Dr. Aluízio Alves, subordinado ao município de Várzea, e está a 67 quilômetros de distância de Natal.Progredindo gradualmente, a localidade começou a despertar para o desejo de emancipação.
Em 9 de janeiro de 1997, chegou a autonomia política administrativa, através da Lei nº 6.985, sancionada pelo então Governador do Estado, Dr. Garibaldi Alves Filho, quando Jundiá tornou-se município, desmembrado do de Várzea, localizado na Mesorregião Agreste Potiguar e microrregião do mesmo nome, com uma área territorial de 45,26 quilômetros quadrados, equivalente a 0,09 por centro sobre o território estadual,que foi instalado no dia 1º de janeiro de 2001, com a posse do primeiro prefeito Manuel Luiz do Nascimento, eleito em 1º de outubro de 2000, governando até 1º de janeiro de 2005, quando passou para Tiago Saturnino de Freitas, eleito em 3 de outubro de 2004, derrotando o primeiro administrador que não foi reeleito.
O primeiro delegado de polícia de Jundiá foi o 3º sargento PM Jair Gomes da Silva que foi nomeado em 15 de abril de 2001. O Decreto Estadual nº 16.548, de 9 de dezembro de 2000 transformou em estabelecimento de ensino médio, a Escola Estadual Vereador Luiz José do Nascimento – Ensino Fundamental
